با وجود معیارهای تحریف‌شده در صنعت سودجوی ارگانیک، این تصور که با دیدن علامت ارگانیک هیچ مشکلی برای محصول وجود ندارد بسیار خطرناک است. یکی از این مشکلات امکان بیشتر وجود سم سرطان‌زا و بسیار خطرناک آفلاتوکسین در این محصولات است.
به دلیل عدم استفاده از قارچ‌کش‌ها در تولید محصولات ارگانیک گاه به مایکوتوکسین‌های خطرناک آلوده‌تر می‌شوند. به عنوان مثال مطالعات حاکی است آلودگی ذرت‌های ارگانیک به فامونیسین‌های B1 و B2 تا 10 برابر بیشتر از ذرت غیر ارگانیک است. [1] در مطالعه دیگری بر 1250 نمونه از محصولات ارگانیک و معمولی در بازار فرانسه، آلمان و اسپانیا مشخص شد تا 11.4 درصد محصولات ارگانیک به سموم خطرناک B1 و B2 آلوده شده‌اند حال آنکه این رقم برای سایر محصولات تنها 3.5 درصد بود. [2]
همچنین میزان سمیت سمومی که توسط صنعت تحریف‌شده و سودجوی ارگانیک مجاز دانسته می‌شود (مانند Bt) تا صد برابر سمومی مانند گلایفوزیت است و معیار باقیمانده سموم نیز درباره محصولات آن رعایت نمی‌شود.
1see:
L. Silva, et al. (2009) 'Analysis of Fumonisins in Corn-based Food by
Liquid Chromatography with Fuorescence and Mass Spectrometry Detectors',
Food Chem. 112, 1031–1037.
2see: Rubert, J., et al. (2013).
'Occurrence of Fumonisins in Organic and Conventional Cereal-based
Products Commercialized in France, Germany and Spain'. Food &
Chemical Toxicology 56, 387-391.